在众多过滤方式中，底滤为滤材提供的空间最大，所以处理能力是最强的(注意不是效率)！有利于硝化细菌的培养，所以底滤成为很多鱼友的首选。一般来说底滤可以分成3个仓或者4个仓，滤材的摆放顺序为：第1仓，上面干湿分离，下面可以是细菌屋、陶瓷环、玻璃环、滤球等（可以选一种，也可以搭配使用）；第2仓；细菌屋、陶瓷环、玻璃环、滤球等（可以选一种，也可以搭配使用）；第3仓，如果是最后一个仓，则可以放泵和加热棒，如果不是，也可以放细菌屋等或是麦饭石；但是最后需要留一格放泵和加热棒。
下图是目前常见的2种底滤缸的分仓隔板方案（以3个仓为例），个人认为第2种方案比较好一点。
目前常见的2种底滤缸的分仓隔板方案，从右到左，依次是滤棉、滤材、水泵
首先无论是哪种方案，第1仓与第2仓之间都使用双隔板，主要有如下几种优点：
1、双隔板可保持1仓水位，避免滤材暴露于水面。如果第1仓上面不设置干湿分离，那么第1仓就需要防止滤棉等物理过滤滤材，物理滤材不浸泡在水里比较好一些。如果设置有干湿分离，第1仓内只放生化滤材，则需要使用双隔板保持水位。
2、双隔板提高第1仓、第2仓水位差，水流速更快，更容易通过。水流太慢带来的氧气和供硝化菌分解的“食物”就会减少。
3、双隔板提高水位差，在第1仓进入第2仓时形成小瀑布，增加溶氧。此特点较重要，虽然不会改变整缸的总溶氧量，只是把第1仓下水的部分溶氧量移动到第2仓，但是这个位置改变挺重要的，第2仓是生化过滤，水进入第2仓前增加融氧总是好的。
4、双隔板可以把第1仓底部的沉淀物带到第2仓顶部。可以在第2仓顶部增加物理过滤，，比如放置1-2层滤棉，便于清理沉淀物。据广大鱼友们的经验，就算物理过滤做得再好，经过长时间的使用，仓底也会出现不少沉淀物，使用双隔板，并且仓底放置底滤隔板，抬高滤材，在仓底形成留空的空间，方便时常清理仓底。
水泵仓和相邻仓采用单隔板
下面说说2仓与3仓之间使用单隔板的优点。因自然蒸发，泵仓水位会缓慢下降，若长时间没有加水，泵仓水位降到太低就容易烧泵，2仓与3仓之间使用单隔板，就联通了2、3仓，增加了出水泵可抽取的水量，在烧泵前争取更多的时间。但是话说回来，即使这样，我们还是需要勤加水，因为2仓放满了滤材，如果2仓存长期处于低水位，2仓的滤材长期暴露在空气中，2仓硝化细菌也将不复存在。
所以，无论是分成3个仓还是4个仓，最后一个水泵仓还是采用单隔板的方案比较好一点。
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